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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) | - |
Autor(es): dc.contributor | Forschungszentrum Jülich | - |
Autor(es): dc.contributor | Universitätsstraße | - |
Autor(es): dc.creator | Hernández González, Jorge E. | - |
Autor(es): dc.creator | Eberle, Raphael J. | - |
Autor(es): dc.creator | Willbold, Dieter | - |
Autor(es): dc.creator | Coronado, Mônika A. | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T22:48:46Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T22:48:46Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-28 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-28 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-01-23 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.3389/fmolb.2021.816166 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/223492 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/223492 | - |
Descrição: dc.description | The SARS-CoV-2 main protease, also known as 3-chymotrypsin-like protease (3CLpro), is a cysteine protease responsible for the cleavage of viral polyproteins pp1a and pp1ab, at least, at eleven conserved sites, which leads to the formation of mature nonstructural proteins essential for the replication of the virus. Due to its essential role, numerous studies have been conducted so far, which have confirmed 3CLpro as an attractive drug target to combat Covid-19 and have reported a vast number of inhibitors and their co-crystal structures. Despite all the ongoing efforts, D-peptides, which possess key advantages over L-peptides as therapeutic agents, have not been explored as potential drug candidates against 3CLpro. The current work fills this gap by reporting an in silico approach for the discovery of D-peptides capable of inhibiting 3CLpro that involves structure-based virtual screening (SBVS) of an in-house library of D-tripeptides and D-tetrapeptides into the protease active site and subsequent rescoring steps, including Molecular Mechanics Generalized-Born Surface Area (MM-GBSA) free energy calculations and molecular dynamics (MD) simulations. In vitro enzymatic assays conducted for the four top-scoring D-tetrapeptides at 20 μM showed that all of them caused 55–85% inhibition of 3CLpro activity, thus highlighting the suitability of the devised approach. Overall, our results present a promising computational strategy to identify D-peptides capable of inhibiting 3CLpro, with broader application in problems involving protein inhibition. | - |
Descrição: dc.description | Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ) | - |
Descrição: dc.description | Multiuser Center for Biomolecular Innovation IBILCE Universidade Estadual Paulista (UNESP), São Jose do Rio Preto | - |
Descrição: dc.description | Laboratory for Molecular Modeling and Dynamics Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho Universidade Federal do Rio de Janeiro Cidade Universitária Ilha do Fundão | - |
Descrição: dc.description | Institute of Biological Information Processing (IBI-7 Structural Biochemistry) Forschungszentrum Jülich | - |
Descrição: dc.description | Institut für Physikalische Biologie Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Universitätsstraße | - |
Descrição: dc.description | JuStruct: Jülich Centre for Structural Biology Forschungszentrum Jülich | - |
Descrição: dc.description | Multiuser Center for Biomolecular Innovation IBILCE Universidade Estadual Paulista (UNESP), São Jose do Rio Preto | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | Frontiers in Molecular Biosciences | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Palavras-chave: dc.subject | 3CLpro | - |
Palavras-chave: dc.subject | D-peptide | - |
Palavras-chave: dc.subject | molecular dynamics simulation | - |
Palavras-chave: dc.subject | SARS-CoV-2 | - |
Palavras-chave: dc.subject | virtual screening | - |
Título: dc.title | A Computer-Aided Approach for the Discovery of D-Peptides as Inhibitors of SARS-CoV-2 Main Protease | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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