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Metadados | Descrição | Idioma |
---|---|---|
Autor(es): dc.contributor | Federal University of Rio de Janeiro | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Multidisciplinary Center for Research in Biology (NUMPEX) | - |
Autor(es): dc.contributor | Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ) | - |
Autor(es): dc.contributor | Rio BioNMR Network | - |
Autor(es): dc.creator | Caruso, Icaro Putinhon | - |
Autor(es): dc.creator | dos Santos Almeida, Vitor | - |
Autor(es): dc.creator | do Amaral, Mariana Juliani | - |
Autor(es): dc.creator | de Andrade, Guilherme Caldas | - |
Autor(es): dc.creator | de Araújo, Gabriela Rocha | - |
Autor(es): dc.creator | de Araújo, Talita Stelling | - |
Autor(es): dc.creator | de Azevedo, Jéssica Moreira | - |
Autor(es): dc.creator | Barbosa, Glauce Moreno | - |
Autor(es): dc.creator | Bartkevihi, Leonardo | - |
Autor(es): dc.creator | Bezerra, Peter Reis | - |
Autor(es): dc.creator | dos Santos Cabral, Katia Maria | - |
Autor(es): dc.creator | de Lourenço, Isabella Otênio | - |
Autor(es): dc.creator | Malizia-Motta, Clara L.F. | - |
Autor(es): dc.creator | de Luna Marques, Aline | - |
Autor(es): dc.creator | Mebus-Antunes, Nathane Cunha | - |
Autor(es): dc.creator | Neves-Martins, Thais Cristtina | - |
Autor(es): dc.creator | de Sá, Jéssica Maróstica | - |
Autor(es): dc.creator | Sanches, Karoline | - |
Autor(es): dc.creator | Santana-Silva, Marcos Caique | - |
Autor(es): dc.creator | Vasconcelos, Ariana Azevedo | - |
Autor(es): dc.creator | da Silva Almeida, Marcius | - |
Autor(es): dc.creator | de Amorim, Gisele Cardoso | - |
Autor(es): dc.creator | Anobom, Cristiane Dinis | - |
Autor(es): dc.creator | Da Poian, Andrea T. | - |
Autor(es): dc.creator | Gomes-Neto, Francisco | - |
Autor(es): dc.creator | Pinheiro, Anderson S. | - |
Autor(es): dc.creator | Almeida, Fabio C.L. | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T22:21:53Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T22:21:53Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-28 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-28 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-01 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2022.01.121 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/223395 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/223395 | - |
Descrição: dc.description | The SARS-CoV-2 nucleocapsid protein (N) is a multifunctional promiscuous nucleic acid-binding protein, which plays a major role in nucleocapsid assembly and discontinuous RNA transcription, facilitating the template switch of transcriptional regulatory sequences (TRS). Here, we dissect the structural features of the N protein N-terminal domain (N-NTD) and N-NTD plus the SR-rich motif (N-NTD-SR) upon binding to single and double-stranded TRS DNA, as well as their activities for dsTRS melting and TRS-induced liquid-liquid phase separation (LLPS). Our study gives insights on the specificity for N-NTD(-SR) interaction with TRS. We observed an approximation of the triple-thymidine (TTT) motif of the TRS to β-sheet II, giving rise to an orientation difference of ~25° between dsTRS and non-specific sequence (dsNS). It led to a local unfavorable energetic contribution that might trigger the melting activity. The thermodynamic parameters of binding of ssTRSs and dsTRS suggested that the duplex dissociation of the dsTRS in the binding cleft is entropically favorable. We showed a preference for TRS in the formation of liquid condensates when compared to NS. Moreover, our results on DNA binding may serve as a starting point for the design of inhibitors, including aptamers, against N, a possible therapeutic target essential for the virus infectivity. | - |
Descrição: dc.description | Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ) | - |
Descrição: dc.description | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) | - |
Descrição: dc.description | Institute of Medical Biochemistry Federal University of Rio de Janeiro | - |
Descrição: dc.description | Multiuser Center for Biomolecular Innovation (CMIB) Department of Physics São Paulo State University (UNESP) | - |
Descrição: dc.description | National Center of Nuclear Magnetic Resonance (CNRMN) CENABIO Federal University of Rio de Janeiro | - |
Descrição: dc.description | Faculty of Pharmacy Federal University of Rio de Janeiro | - |
Descrição: dc.description | Protein Advanced Biochemistry (PAB) CENABIO Federal University of Rio de Janeiro | - |
Descrição: dc.description | Department of Biochemistry Institute of Chemistry Federal University of Rio de Janeiro | - |
Descrição: dc.description | Multidisciplinary Center for Research in Biology (NUMPEX) Campus Duque de Caxias Federal University of Rio de Janeiro | - |
Descrição: dc.description | Laboratory of Toxinology Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ) | - |
Descrição: dc.description | Rio BioNMR Network | - |
Descrição: dc.description | Multiuser Center for Biomolecular Innovation (CMIB) Department of Physics São Paulo State University (UNESP) | - |
Descrição: dc.description | FAPERJ: 202.279/2018 | - |
Descrição: dc.description | FAPERJ: 204.432/2014 | - |
Descrição: dc.description | FAPERJ: 210.361/2015 | - |
Descrição: dc.description | FAPERJ: 239.229/2018 | - |
Descrição: dc.description | FAPERJ: 255.940/2020 | - |
Descrição: dc.description | CNPq: 309564/2017-4 | - |
Descrição: dc.description | CNPq: 439306/2018-3 | - |
Formato: dc.format | 466-480 | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | International Journal of Biological Macromolecules | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Palavras-chave: dc.subject | Binding specificity | - |
Palavras-chave: dc.subject | DNA/RNA binding protein | - |
Palavras-chave: dc.subject | SARS-CoV-2 nucleocapsid protein | - |
Título: dc.title | Insights into the specificity for the interaction of the promiscuous SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal domain with deoxyribonucleic acids | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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