Atenção:
O eduCAPES é um repositório de objetos educacionais, não sendo responsável por materiais de terceiros submetidos na plataforma. O usuário assume ampla e total responsabilidade quanto à originalidade, à titularidade e ao conteúdo, citações de obras consultadas, referências e outros elementos que fazem parte do material que deseja submeter. Recomendamos que se reporte diretamente ao(s) autor(es), indicando qual parte do material foi considerada imprópria (cite página e parágrafo) e justificando sua denúncia.
Caso seja o autor original de algum material publicado indevidamente ou sem autorização, será necessário que se identifique informando nome completo, CPF e data de nascimento. Caso possua uma decisão judicial para retirada do material, solicitamos que informe o link de acesso ao documento, bem como quaisquer dados necessários ao acesso, no campo abaixo.
Todas as denúncias são sigilosas e sua identidade será preservada. Os campos nome e e-mail são de preenchimento opcional. Porém, ao deixar de informar seu e-mail, um possível retorno será inviabilizado e/ou sua denúncia poderá ser desconsiderada no caso de necessitar de informações complementares.
Metadados | Descrição | Idioma |
---|---|---|
Autor(es): dc.contributor | Universidade de São Paulo (USP) | - |
Autor(es): dc.contributor | The Federal University of Technology - Paraná (UTFPR) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual de Londrina (UEL) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (UNESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Federal do Paraná (UFPR) | - |
Autor(es): dc.creator | Bonidia, Robson P. | - |
Autor(es): dc.creator | Sampaio, Lucas D.H. | - |
Autor(es): dc.creator | Domingues, Douglas S. | - |
Autor(es): dc.creator | Paschoal, Alexandre R. | - |
Autor(es): dc.creator | Lopes, Fabrício M. | - |
Autor(es): dc.creator | de Carvalho, André C.P.L.F. | - |
Autor(es): dc.creator | Sanches, Danilo S. | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2025-08-21T18:24:08Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2025-08-21T18:24:08Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-28 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-28 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2020-12-31 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbab011 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/222520 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/222520 | - |
Descrição: dc.description | As consequence of the various genomic sequencing projects, an increasing volume of biological sequence data is being produced. Although machine learning algorithms have been successfully applied to a large number of genomic sequence-related problems, the results are largely affected by the type and number of features extracted. This effect has motivated new algorithms and pipeline proposals, mainly involving feature extraction problems, in which extracting significant discriminatory information from a biological set is challenging. Considering this, our work proposes a new study of feature extraction approaches based on mathematical features (numerical mapping with Fourier, entropy and complex networks). As a case study, we analyze long non-coding RNA sequences. Moreover, we separated this work into three studies. First, we assessed our proposal with the most addressed problem in our review, e.g. lncRNA and mRNA; second, we also validate the mathematical features in different classification problems, to predict the class of lncRNA, e.g. circular RNAs sequences; third, we analyze its robustness in scenarios with imbalanced data. The experimental results demonstrated three main contributions: first, an in-depth study of several mathematical features; second, a new feature extraction pipeline; and third, its high performance and robustness for distinct RNA sequence classification. | - |
Descrição: dc.description | Universidade Federal do Paraná | - |
Descrição: dc.description | Pró-Reitoria de Pesquisa, Universidade Federal do Rio Grande do Sul | - |
Descrição: dc.description | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) | - |
Descrição: dc.description | Institute of Mathematics and Computer Sciences University of São Paulo - USP | - |
Descrição: dc.description | The Federal University of Technology - Paraná (UTFPR) | - |
Descrição: dc.description | The State University of Londrina | - |
Descrição: dc.description | Polytechnic School The University of São Paulo | - |
Descrição: dc.description | The São Paulo State University | - |
Descrição: dc.description | The University of São Paulo | - |
Descrição: dc.description | The Federal University of Paraná (UFPR) | - |
Descrição: dc.description | The University of São Paulo (USP) | - |
Descrição: dc.description | The Department of Computer Science University of São Paulo | - |
Descrição: dc.description | The São Paulo State University | - |
Descrição: dc.description | Pró-Reitoria de Pesquisa, Universidade Federal do Rio Grande do Sul: 88887.144045/2017-00 | - |
Descrição: dc.description | CAPES: PROEX-11919694/D | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | Briefings in Bioinformatics | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Palavras-chave: dc.subject | Biological sequences | - |
Palavras-chave: dc.subject | Complex networks | - |
Palavras-chave: dc.subject | Entropy | - |
Palavras-chave: dc.subject | Feature extraction | - |
Palavras-chave: dc.subject | Fourier | - |
Palavras-chave: dc.subject | Numerical mapping | - |
Título: dc.title | Feature extraction approaches for biological sequences: A comparative study of mathematical features | - |
Tipo de arquivo: dc.type | vídeo | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
O Portal eduCAPES é oferecido ao usuário, condicionado à aceitação dos termos, condições e avisos contidos aqui e sem modificações. A CAPES poderá modificar o conteúdo ou formato deste site ou acabar com a sua operação ou suas ferramentas a seu critério único e sem aviso prévio. Ao acessar este portal, você, usuário pessoa física ou jurídica, se declara compreender e aceitar as condições aqui estabelecidas, da seguinte forma: