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Amplificação isotérmica mediada por loop para identificação de espécies de peixes
Use este link compartilhar ou citar este material: http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/217775
Registro completo de metadados
| Metadados | Descrição | Idioma |
|---|---|---|
| Autor(es): dc.contributor | Porto-Foresti, Fabio [UNESP] | - |
| Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (Unesp) | - |
| Autor(es): dc.creator | Lein, Ana Luiza Chaves | - |
| Data de aceite: dc.date.accessioned | 2022-08-04T21:56:04Z | - |
| Data de disponibilização: dc.date.available | 2022-08-04T21:56:04Z | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-12 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2022-04-12 | - |
| Data de envio: dc.date.issued | 2022-03-15 | - |
| Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/217775 | - |
| Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/217775 | - |
| Descrição: dc.description | A Amplificação Isotérmica Mediada por loop (LAMP) é uma técnica molecular que tem sido amplamente utilizada em diversos campos biológicos, devido à facilidade com que pode ser aplicada na identificação de espécies. O desenho de primers core e loop para a sua utilização é mais complexo do que de primers para PCR, pois são seis pares específicos que reconhecem até seis sequências distintas do DNA alvo. Ela possibilita a identificação de espécies e permite uma análise rápida, precisa e de baixo custo, utilizando temperatura constante (de 60 a 65°C) por cerca de 30 minutos. A técnica dispensa o uso de equipamentos caros, o que amplia e facilita sua utilização nas análises moleculares em campo e em outras aplicações. A identificação precisa e rápida de espécies de peixes através da LAMP permite o diagnóstico e análises objetivas, para as problemáticas de piscicultura de híbridos, bem como da autenticação de produtos processados de peixes mesmo em ambientes com pouca infraestrutura. O objetivo do trabalho foi padronizar e otimizar ensaios de LAMP para amostras de Pangasianodon hypophthalmus e Piaractus mesopotamicus submetidas a extração de DNA genômico, em comparação com amostras processadas por Cell lysis solution e amostras de tecido in natura, por meio de marcadores moleculares. Foi feito o isolamento, design e aplicação dos três pares de primers, bem como a otimização do ensaio LAMP de ambas as espécies e a aplicação de genes como marcadores moleculares (citocromo b e RAG2) por PCR convencional nas amostras submetidas aos diferentes processamentos. Foram obtidos 6 primers para P. hypophthalmus e 5 para P. mesopotamicus, cujas especificidades foram testadas pelo ensaio LAMP, através da visualização a olho nu da mudança de coloração nos tubos. Os resultados demonstraram que, de maneira geral, os primers LAMP obtidos para P. mesopotamicus podem ser espécie-específicos e os para P. hypophthalmus não, pois houve amplificação cruzada com amostras de DNA de outras espécies. Além disso, as amostras de tecido in natura e as processadas por Cell lysis solution apresentaram presença de produtos de amplificação em ambas as espécies, comparável às amostras de DNA extraído, o que confirma a possibilidade de utilização de amostras não submetidas à extração de DNA genômico em reações LAMP futuras. Portanto, o presente estudo descreve a aplicação dessa metodologia de identificação de espécies de peixes como mais uma ferramenta genética para estudos aplicados à aquicultura, relacionados à orientação de programas de conservação e ao manejo adequado de plantéis reprodutores naturais e cultivados, bem como ao monitoramento da autenticidade genética na produção e comércio de produtos de peixes. | - |
| Descrição: dc.description | The Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) is a molecular technique that has been widely used in several biological research fields, due to its efficient use in species identification. The design of its core and loop primers for the amplification is rather more complex than that of the PCR primer design, because there are six specific pairs for the identification of six distinct sequences in the target DNA. It does not require expensive equipment, such as thermal cyclers, and the reaction can be incubated in water baths, which expands and facilitates its use in field molecular analysis for on-site species identity tests, and other applications, for it enables species identification and allows a rapid, precise and low-cost analysis, under isothermal conditions (60 – 65°C), for approximately 30 minutes. The precise and rapid identification of fish species through LAMP allows objective diagnosis and analysis in the aquaculture of fish hybrids, such as in processed food products authentication, even in places with low infrastructure. The aim of this study was to standardize and optimize LAMP assays for Pangasianodon hypophthalmus and Piaractus mesopotamicus samples of extracted DNA, in comparison with samples processed only by Cell lysis solution, as well as in natura fish tissue, through the use of molecular markers. The three pairs of LAMP primers were isolated, designed and applied and the optimization of the assay was performed for both species, as well as the use of genes as molecular markers in a standard PCR reaction, in the samples processed by different techniques. Six primers for P. hypophthalmus and five for P. mesopotamicus were obtained and their specificity was tested by LAMP assays, through the visualization of color change in the tubes. The results showed that, generally, the LAMP primers obtained for P. Mesopotamicus may be species-specific, although the ones for P. hypophthalmus are not, because there was cross reaction with DNA samples of other species. Besides that, the samples of in natura tissue and the ones processed by Cell lysis solution showed presence of amplification products in both species comparable to the ones of extracted DNA, which confirms the possibility of using such samples in further LAMP reactions. So, the present study describes the application of this fish species identification methodology as one more tool for genetic studies applied to aquaculture, regarding the orientation of conservation programs and the adequate management of natural and cultivated reproductive stocks, as well as to genetic authenticity monitoring of the production and trade of fish products. | - |
| Descrição: dc.description | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) | - |
| Descrição: dc.description | CNPq: 136596/2021-5 | - |
| Idioma: dc.language | pt_BR | - |
| Publicador: dc.publisher | Universidade Estadual Paulista (Unesp) | - |
| Direitos: dc.rights | Acesso aberto | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Peixes | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Peixes - Identificação | - |
| Palavras-chave: dc.subject | LAMP | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Hybrids aquiculture | - |
| Palavras-chave: dc.subject | Fishes | - |
| Título: dc.title | Amplificação isotérmica mediada por loop para identificação de espécies de peixes | - |
| Título: dc.title | Loop-mediated isothermal amplification on the identification of fish species | - |
| Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp | |
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