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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | IINRAE | - |
Autor(es): dc.contributor | Univ Lausanne | - |
Autor(es): dc.contributor | Swiss Inst Bioinformat | - |
Autor(es): dc.contributor | Hunan Normal Univ | - |
Autor(es): dc.contributor | Uppsala Univ | - |
Autor(es): dc.contributor | Univ Montpellier | - |
Autor(es): dc.contributor | INRAE | - |
Autor(es): dc.contributor | Univ Wurzburg | - |
Autor(es): dc.contributor | Texas State Univ | - |
Autor(es): dc.contributor | Univ Oregon | - |
Autor(es): dc.contributor | NOAA | - |
Autor(es): dc.contributor | Sophia Univ | - |
Autor(es): dc.contributor | Northeastern Univ | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (Unesp) | - |
Autor(es): dc.contributor | Tokyo Univ Marine Sci & Technol | - |
Autor(es): dc.contributor | Inst Marine Res | - |
Autor(es): dc.contributor | Chinese Acad Sci | - |
Autor(es): dc.contributor | IGB | - |
Autor(es): dc.contributor | Michigan State Univ | - |
Autor(es): dc.creator | Feron, Romain | - |
Autor(es): dc.creator | Pan, Qiaowei | - |
Autor(es): dc.creator | Wen, Ming | - |
Autor(es): dc.creator | Imarazene, Boudjema | - |
Autor(es): dc.creator | Jouanno, Elodie | - |
Autor(es): dc.creator | Anderson, Jennifer | - |
Autor(es): dc.creator | Herpin, Amaury | - |
Autor(es): dc.creator | Journot, Laurent | - |
Autor(es): dc.creator | Parrinello, Hugues | - |
Autor(es): dc.creator | Klopp, Christophe | - |
Autor(es): dc.creator | Kottler, Verena A. | - |
Autor(es): dc.creator | Roco, Alvaro S. | - |
Autor(es): dc.creator | Du, Kang | - |
Autor(es): dc.creator | Kneitz, Susanne | - |
Autor(es): dc.creator | Adolfi, Mateus | - |
Autor(es): dc.creator | Wilson, Catherine A. | - |
Autor(es): dc.creator | McCluskey, Braedan | - |
Autor(es): dc.creator | Amores, Angel | - |
Autor(es): dc.creator | Desvignes, Thomas | - |
Autor(es): dc.creator | Goetz, Frederick W. | - |
Autor(es): dc.creator | Takanashi, Ato | - |
Autor(es): dc.creator | Kawaguchi, Mari | - |
Autor(es): dc.creator | Detrich, Harry William | - |
Autor(es): dc.creator | Oliveira, Marcos A. [UNESP] | - |
Autor(es): dc.creator | Nobrega, Rafael H. | - |
Autor(es): dc.creator | Sakamoto, Takashi | - |
Autor(es): dc.creator | Nakamoto, Masatoshi | - |
Autor(es): dc.creator | Wargelius, Anna | - |
Autor(es): dc.creator | Karlsen, Orjan | - |
Autor(es): dc.creator | Wang, Zhongwei | - |
Autor(es): dc.creator | Stoeck, Matthias | - |
Autor(es): dc.creator | Waterhouse, Robert M. | - |
Autor(es): dc.creator | Braasch, Ingo | - |
Autor(es): dc.creator | Postlethwait, John H. | - |
Autor(es): dc.creator | Schartl, Manfred | - |
Autor(es): dc.creator | Guiguen, Yann | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2022-02-22T00:55:49Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2022-02-22T00:55:49Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2021-06-25 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2021-06-25 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2021-03-09 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.13360 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/209254 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/209254 | - |
Descrição: dc.description | The study of sex determination and sex chromosome organization in nonmodel species has long been technically challenging, but new sequencing methodologies now enable precise and high-throughput identification of sex-specific genomic sequences. In particular, restriction site-associated DNA sequencing (RAD-Seq) is being extensively applied to explore sex determination systems in many plant and animal species. However, software specifically designed to search for and visualize sex-biased markers using RAD-Seq data is lacking. Here, we present RADSex, a computational analysis workflow designed to study the genetic basis of sex determination using RAD-Seq data. RADSex is simple to use, requires few computational resources, makes no prior assumptions about the type of sex-determination system or structure of the sex locus, and offers convenient visualization through a dedicated R package. To demonstrate the functionality of RADSex, we re-analysed a published data set of Japanese medaka, Oryzias latipes, where we uncovered a previously unknown Y chromosome polymorphism. We then used RADSex to analyse new RAD-Seq data sets from 15 fish species spanning multiple taxonomic orders. We identified the sex determination system and sex-specific markers in six of these species, five of which had no known sex-markers prior to this study. We show that RADSex greatly facilitates the study of sex determination systems in nonmodel species thanks to its speed of analyses, low resource usage, ease of application and visualization options. Furthermore, our analysis of new data sets from 15 species provides new insights on sex determination in fish. | - |
Descrição: dc.description | National Institute of Health (USA) | - |
Descrição: dc.description | Deutsche Forschungsgemeinschaft | - |
Descrição: dc.description | National Science Foundation (USA) Office of Polar Programs | - |
Descrição: dc.description | Agence Nationale de la Recherche | - |
Descrição: dc.description | Schweizerischer Nationalfonds zur Forderung der Wissenschaftlichen Forschung | - |
Descrição: dc.description | IINRAE, LPGP, Rennes, France | - |
Descrição: dc.description | Univ Lausanne, Dept Ecol & Evolut, Lausanne, Switzerland | - |
Descrição: dc.description | Swiss Inst Bioinformat, Lausanne, Switzerland | - |
Descrição: dc.description | Hunan Normal Univ, Coll Life Sci, State Key Lab Dev Biol Freshwater Fish, Changsha, Peoples R China | - |
Descrição: dc.description | Uppsala Univ, Dept Organismal Biol, Systemat Biol, Uppsala, Sweden | - |
Descrição: dc.description | Univ Montpellier, Inst Genom Fonct, INSERM, IGF,CNRS, Montpellier, France | - |
Descrição: dc.description | INRAE, Math & Informat Appl Toulouse, SIGENAE, Castanet Tolosan, France | - |
Descrição: dc.description | Univ Wurzburg, Physiol Chem, Bioctr, Wurzburg, Germany | - |
Descrição: dc.description | Texas State Univ, Xiphophorus Genet Stock Ctr, Dept Chem & Biochem, San Marcos, TX USA | - |
Descrição: dc.description | Univ Wurzburg, Dev Biochem, Bioctr, Wurzburg, Germany | - |
Descrição: dc.description | Univ Oregon, Inst Neurosci, Eugene, OR USA | - |
Descrição: dc.description | NOAA, Environm & Fisheries Sci Div, Northwest Fisheries Sci Ctr, Natl Marine Fisheries Serv, Seattle, WA USA | - |
Descrição: dc.description | Sophia Univ, Fac Sci & Technol, Dept Mat & Life Sci, Tokyo, Japan | - |
Descrição: dc.description | Northeastern Univ, Ctr Marine Sci, Dept Marine & Environm Sci, Nahant, MA 01908 USA | - |
Descrição: dc.description | Sao Paulo State Univ, Inst Biosci, Dept Struct & Funct Biol, Reprod & Mol Biol Grp, Botucatu, SP, Brazil | - |
Descrição: dc.description | Tokyo Univ Marine Sci & Technol, Dept Aquat Marine Biosci, Tokyo, Japan | - |
Descrição: dc.description | Inst Marine Res, Bergen, Norway | - |
Descrição: dc.description | Chinese Acad Sci, Inst Hydrobiol, Beijing, Peoples R China | - |
Descrição: dc.description | IGB, Leibniz Inst Freshwater Ecol & Inland Fishe, Berlin, Germany | - |
Descrição: dc.description | Michigan State Univ, Dept Integrat Biol, Ecol Evolut & Behav Program, E Lansing, MI 48824 USA | - |
Descrição: dc.description | Sao Paulo State Univ, Inst Biosci, Dept Struct & Funct Biol, Reprod & Mol Biol Grp, Botucatu, SP, Brazil | - |
Descrição: dc.description | National Institute of Health (USA): R01GM085318 | - |
Descrição: dc.description | National Institute of Health (USA): R35GM139635 | - |
Descrição: dc.description | Deutsche Forschungsgemeinschaft: SCHA 408/10-1 | - |
Descrição: dc.description | National Science Foundation (USA) Office of Polar Programs: OPP-1543383 | - |
Descrição: dc.description | National Science Foundation (USA) Office of Polar Programs: PLR-1247510 | - |
Descrição: dc.description | National Science Foundation (USA) Office of Polar Programs: PLR-1444167 | - |
Descrição: dc.description | Agence Nationale de la Recherche: SCHA 408/10-1 | - |
Descrição: dc.description | Agence Nationale de la Recherche: ANR-10-INBS-09 | - |
Descrição: dc.description | Schweizerischer Nationalfonds zur Forderung der Wissenschaftlichen Forschung: PP00P3_170664 | - |
Formato: dc.format | 17 | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Publicador: dc.publisher | Wiley-Blackwell | - |
Relação: dc.relation | Molecular Ecology Resources | - |
???dc.source???: dc.source | Web of Science | - |
Palavras-chave: dc.subject | computational workflow | - |
Palavras-chave: dc.subject | fish | - |
Palavras-chave: dc.subject | RAD‐ | - |
Palavras-chave: dc.subject | Sequencing | - |
Palavras-chave: dc.subject | sex determination | - |
Palavras-chave: dc.subject | visualization | - |
Título: dc.title | RADSex: A computational workflow to study sex determination using restriction site-associated DNA sequencing data | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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