Detection and application of novel SSR markers from transcriptome data for Astronium fraxinifolium Schott, a threatened Brazilian tree species

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Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (Unesp)-
Autor(es): dc.contributorEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)-
Autor(es): dc.contributorInstituto Florestal de São Paulo-
Autor(es): dc.creatorCornacini, Maiara R. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorManoel, Ricardo O. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorAlcantara, Marcelo A. M. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorMoraes, Mário L. T. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorSilva, Edvaldo A. A. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorPereira Neto, Leonel G.-
Autor(es): dc.creatorSebbenn, Alexandre M.-
Autor(es): dc.creatorRossini, Bruno C. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorMarino, Celso L. [UNESP]-
Data de aceite: dc.date.accessioned2022-02-22T00:50:58Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2022-02-22T00:50:58Z-
Data de envio: dc.date.issued2021-06-25-
Data de envio: dc.date.issued2021-06-25-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-31-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1007/s11033-021-06338-5-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/207655-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/207655-
Descrição: dc.descriptionAstronium fraxinifolium is an endangered tree species from Brazil. Due to its significance in environmental reforestation, as well as the continued exploitation of its wood, it is necessary to develop management programs that support the conservation of the species. Simple sequence repeats (SSR) or microsatellite markers are widely used in population genetic studies across a range of diverse organisms. In this study, we present the first SSR markers developed for A. fraxinifolium as well as their frequency and distribution based on transcriptome data. From transcriptome data, we identified more than 100 thousand sequences presenting microsatellites, with a predominant distribution of trinucleotide repeats. From the initial screening, we selected 20 microsatellite loci which were validated and evaluated for genetic indices in two natural populations. All loci were polymorphic, ranging from four to 11 alleles per locus. The observed and expected heterozygosities ranged from 0 to 1.0 and from 0.533 to 1.0, respectively, while the genetic differentiation (GST = 0.363) was greater within than between populations. The developed SSR loci from RNA-Seq data provides a foundation for future studies on genetic diversity and population structure, mating system, and gene flow for A. fraxinifolium populations and related species, aiming at conservation and management.-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Ciências Químicas e Biológicas Instituto de Biociências UNESP - Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionInstituto de Biotecnologia (IBTEC) UNESP - Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Fitotecnia Tecnologia de Alimentos e Sócio Economia Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira UNESP - Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Produção Vegetal Faculdade de Ciências Agronômicas UNESP – Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionEmbrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (Cenargen)-
Descrição: dc.descriptionInstituto Florestal de São Paulo-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Ciências Químicas e Biológicas Instituto de Biociências UNESP - Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionInstituto de Biotecnologia (IBTEC) UNESP - Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Fitotecnia Tecnologia de Alimentos e Sócio Economia Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira UNESP - Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Produção Vegetal Faculdade de Ciências Agronômicas UNESP – Universidade Estadual Paulista-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationMolecular Biology Reports-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectAnacardiaceae-
Palavras-chave: dc.subjectConservation genetics-
Palavras-chave: dc.subjectManagement-
Palavras-chave: dc.subjectMicrosatellite markers-
Palavras-chave: dc.subjectPopulation genetics-
Título: dc.titleDetection and application of novel SSR markers from transcriptome data for Astronium fraxinifolium Schott, a threatened Brazilian tree species-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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