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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (Unesp) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade de São Paulo (USP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Centro de Cana | - |
Autor(es): dc.contributor | University of Warwick | - |
Autor(es): dc.creator | da Silva Santos, Paulo H. [UNESP] | - |
Autor(es): dc.creator | Manechini, João R. Vieira | - |
Autor(es): dc.creator | Brito, Michael S. | - |
Autor(es): dc.creator | Romanel, Elisson | - |
Autor(es): dc.creator | Vicentini, Renato | - |
Autor(es): dc.creator | Scarpari, Maximiliano | - |
Autor(es): dc.creator | Jackson, Stephen | - |
Autor(es): dc.creator | Pinto, Luciana R. | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2022-02-22T00:45:50Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2022-02-22T00:45:50Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2021-06-25 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2021-06-25 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2021-11-30 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1038/s41598-021-83918-2 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/205977 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/205977 | - |
Descrição: dc.description | Although reference genes have previously been used in the expression analysis of genes involved in sugarcane flowering they had not been experimentally validated for stability and consistency of expression between different samples over a wide range of experimental conditions. Here we report the analysis of candidate reference genes in different tissue types, at different temporal time-points, in both short and long day photoperiodic treatments. The stability of the candidate reference genes in all conditions was evaluated with NormFinder, BestKeeper, and RefFinder algorithms that complement each other for a more robust analysis. As the Normfinder algorithm was more appropriate for our experimental conditions, greater emphasis was placed on Normfinder when choosing the most stable genes. UBQ1 and TUB were shown to be the most stable reference genes to use for normalizing RT-qPCR gene expression data during floral induction, whilst 25SrRNA1 and GAPDH were the least stable. Their use as a reference gene pair was validated by analyzing the expression of two differentially expressed target genes (PIL5 and LHP1). The UBQ1/TUB reference genes combination was able to reveal small significant differences in gene expression of the two target genes that were not detectable when using the least stable reference gene combination. These results can be used to inform the choice of reference genes to use in the study of the sugarcane floral induction pathway. Our work also demonstrates that both PIL5 and LHP1 are significantly up-regulated in the initial stages of photoperiodic induction of flowering in sugarcane. | - |
Descrição: dc.description | Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) | - |
Descrição: dc.description | Biotechnology and Biological Sciences Research Council | - |
Descrição: dc.description | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) | - |
Descrição: dc.description | Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias UNESP, Campus Jaboticabal | - |
Descrição: dc.description | Universidade Estadual de Campinas UNICAMP | - |
Descrição: dc.description | Instituto de Ciência e Tecnologia da Universidade Federal de São Paulo | - |
Descrição: dc.description | Departamento de Biotecnologia Escola de Engenharia de Lorena/Universidade de São Paulo EEL/USP | - |
Descrição: dc.description | Instituto Agronômico de Campinas Centro de Cana | - |
Descrição: dc.description | School of Life Sciences University of Warwick, Gibbet Hill | - |
Descrição: dc.description | Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias UNESP, Campus Jaboticabal | - |
Descrição: dc.description | FAPESP: 2016/02679-9 | - |
Descrição: dc.description | Biotechnology and Biological Sciences Research Council: 2018/08380-0 | - |
Descrição: dc.description | CAPES: Finance Code 001 | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Relação: dc.relation | Scientific Reports | - |
???dc.source???: dc.source | Scopus | - |
Título: dc.title | Selection and validation of reference genes by RT-qPCR under photoperiodic induction of flowering in sugarcane (Saccharum spp.) | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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