The potential of genome-wide RAD sequences for resolving rapid radiations: a case study in Cactaceae

Registro completo de metadados
MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal de São Carlos (UFSCar)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade de São Paulo (USP)-
Autor(es): dc.contributorColumbia University-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (Unesp)-
Autor(es): dc.contributorSingapore Botanic Gardens (National Parks Board)-
Autor(es): dc.contributorCoord. Botânica-
Autor(es): dc.creatorBombonato, Juliana Rodrigues-
Autor(es): dc.creatordo Amaral, Danilo Trabuco-
Autor(es): dc.creatorSilva, Gislaine Angélica Rodrigues-
Autor(es): dc.creatorKhan, Gulzar-
Autor(es): dc.creatorMoraes, Evandro M.-
Autor(es): dc.creatorda Silva Andrade, Sónia Cristina-
Autor(es): dc.creatorEaton, Deren A.R.-
Autor(es): dc.creatorAlonso, Diego Peres [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorRibolla, Paulo Eduardo Martins [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorTaylor, Nigel-
Autor(es): dc.creatorZappi, Daniela-
Autor(es): dc.creatorFranco, Fernando Faria-
Data de aceite: dc.date.accessioned2022-02-22T00:35:08Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2022-02-22T00:35:08Z-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-11-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-11-
Data de envio: dc.date.issued2020-10-01-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2020.106896-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/202010-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/202010-
Descrição: dc.descriptionThe reconstruction of relationships within recently radiated groups is challenging even when massive amounts of sequencing data are available. The use of restriction site-associated DNA sequencing (RAD-Seq) to this end is promising. Here, we assessed the performance of RAD-Seq to infer the species-level phylogeny of the rapidly radiating genus Cereus (Cactaceae). To examine how the amount of genomic data affects resolution in this group, we used datasets and implemented different analyses. We sampled 52 individuals of Cereus, representing 18 of the 25 species currently recognized, plus members of the closely allied genera Cipocereus and Praecereus, and other 11 Cactaceae genera as outgroups. Three scenarios of permissiveness to missing data were carried out in iPyRAD, assembling datasets with 30% (333 loci), 45% (1440 loci), and 70% (6141 loci) of missing data. For each dataset, Maximum Likelihood (ML) trees were generated using two supermatrices, i.e., only SNPs and SNPs plus invariant sites. Accuracy and resolution were improved when the dataset with the highest number of loci was used (6141 loci), despite the high percentage of missing data included (70%). Coalescent trees estimated using SVDQuartets and ASTRAL are similar to those obtained by the ML reconstructions. Overall, we reconstruct a well-supported phylogeny of Cereus, which is resolved as monophyletic and composed of four main clades with high support in their internal relationships. Our findings also provide insights into the impact of missing data for phylogeny reconstruction using RAD loci.-
Descrição: dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)-
Descrição: dc.descriptionConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)-
Descrição: dc.descriptionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biologia Centro de Ciências Humanas e Biológicas Universidade Federal de São Carlos (UFSCar)-
Descrição: dc.descriptionPrograma de pós-graduação em Biologia Comparada Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo (USP)-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Genética e Biologia Evolutiva Universidade de São Paulo (USP)-
Descrição: dc.descriptionDepartment of Ecology Evolution and Environmental Biology Columbia University-
Descrição: dc.descriptionInstituto de Biotecnologia (IBTEC) e Instituto de Biociências de Botucatu (IBB) Universidade Estadual Paulista (UNESP)-
Descrição: dc.descriptionSingapore Botanic Gardens (National Parks Board), 1 Cluny Road-
Descrição: dc.descriptionInstituto Tecnológico Vale / Museu Paraense Emilio Goeldi Coord. Botânica-
Descrição: dc.descriptionInstituto de Biotecnologia (IBTEC) e Instituto de Biociências de Botucatu (IBB) Universidade Estadual Paulista (UNESP)-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2014/25227-0-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2018/03428-5-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationMolecular Phylogenetics and Evolution-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectCereus-
Palavras-chave: dc.subjectddRAD-Seq-
Palavras-chave: dc.subjectMissing data-
Palavras-chave: dc.subjectPhylogenomics-
Palavras-chave: dc.subjectRadiation-
Título: dc.titleThe potential of genome-wide RAD sequences for resolving rapid radiations: a case study in Cactaceae-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

Não existem arquivos associados a este item.