The terrestrial carnivorous plant utricularia reniformis sheds light on environmental and life-form genome plasticity

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Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (Unesp)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do ABC (UFABC)-
Autor(es): dc.contributorJ. Craig Venter Institute-
Autor(es): dc.creatorSilva, Saura R. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorMoraes, Ana Paula-
Autor(es): dc.creatorPenha, Helen A. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorJulião, Maria H. M. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorDomingues, Douglas S. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorMichael, Todd P.-
Autor(es): dc.creatorMiranda, Vitor F. O. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorVarani, Alessandro M. [UNESP]-
Data de aceite: dc.date.accessioned2022-02-22T00:28:35Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2022-02-22T00:28:35Z-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-11-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-11-
Data de envio: dc.date.issued2019-12-31-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.3390/ijms21010003-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/199855-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/199855-
Descrição: dc.descriptionUtricularia belongs to Lentibulariaceae, a widespread family of carnivorous plants that possess ultra-small and highly dynamic nuclear genomes. It has been shown that the Lentibulariaceae genomes have been shaped by transposable elements expansion and loss, and multiple rounds of whole-genome duplications (WGD), making the family a platform for evolutionary and comparative genomics studies. To explore the evolution of Utricularia, we estimated the chromosome number and genome size, as well as sequenced the terrestrial bladderwort Utricularia reniformis (2n = 40, 1C = 317.1-Mpb). Here, we report a high quality 304 Mb draft genome, with a scaffold NG50 of 466-Kb, a BUSCO completeness of 87.8%, and 42,582 predicted genes. Compared to the smaller and aquatic U. gibba genome (101 Mb) that has a 32% repetitive sequence, the U. reniformis genome is highly repetitive (56%). The structural differences between the two genomes are the result of distinct fractionation and rearrangements after WGD, and massive proliferation of LTR-retrotransposons. Moreover,GOenrichment analyses suggest an ongoing gene birth–death–innovation process occurring among the tandem duplicated genes, shaping the evolution of carnivory-associated functions. We also identified unique patterns of developmentally related genes that support the terrestrial life-form and body plan of U. reniformis. Collectively, our results provided additional insights into the evolution of the plastic and specialized Lentibulariaceae genomes.-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Tecnologia Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias UNESP—Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionCentro de Ciências Naturais e Humanas Universidade Federal do ABC-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Botânica Instituto de Biociências UNESP—Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionJ. Craig Venter Institute, La Jolla-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biologia Aplicada � Agropecuária Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias UNESP—Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Tecnologia Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias UNESP—Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Botânica Instituto de Biociências UNESP—Universidade Estadual Paulista-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biologia Aplicada � Agropecuária Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias UNESP—Universidade Estadual Paulista-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationInternational Journal of Molecular Sciences-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectABC transporters-
Palavras-chave: dc.subjectEvolution-
Palavras-chave: dc.subjectGenome fractionation-
Palavras-chave: dc.subjectTranscription factors-
Palavras-chave: dc.subjectTransposable elements-
Palavras-chave: dc.subjectWhole-genome duplication-
Título: dc.titleThe terrestrial carnivorous plant utricularia reniformis sheds light on environmental and life-form genome plasticity-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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