Intraspecific variation within the utricularia amethystina species morphotypes based on chloroplast genomes

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (Unesp)-
Autor(es): dc.contributorJagiellonian University in Kraków-
Autor(es): dc.contributorJ. Craig Venter Institute-
Autor(es): dc.contributor10X Genomics-
Autor(es): dc.creatorSilva, Saura R. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorPinheiro, Daniel G. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorPenha, Helen A. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorPłachno, Bartosz J.-
Autor(es): dc.creatorMichael, Todd P.-
Autor(es): dc.creatorMeer, Elliott J.-
Autor(es): dc.creatorMiranda, Vitor F. O. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorVarani, Alessandro M. [UNESP]-
Data de aceite: dc.date.accessioned2022-02-22T00:28:21Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2022-02-22T00:28:21Z-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-11-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-11-
Data de envio: dc.date.issued2019-12-01-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.3390/ijms20246130-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/199797-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/199797-
Descrição: dc.descriptionUtricularia amethystina Salzm. ex A.St.-Hil. & Girard (Lentibulariaceae) is a highly polymorphic carnivorous plant taxonomically rearranged many times throughout history. Herein, the complete chloroplast genomes (cpDNA) of three U. amethystina morphotypes: purple-, white-, and yellow-flowered, were sequenced, compared, and putative markers for systematic, populations, and evolutionary studies were uncovered. In addition, RNA-Seq and RNA-editing analysis were employed for functional cpDNA evaluation. The cpDNA of three U. amethystina morphotypes exhibits typical quadripartite structure. Fine-grained sequence comparison revealed a high degree of intraspecific genetic variability in all morphotypes, including an exclusive inversion in the psbM and petN genes in U. amethystina yellow. Phylogenetic analyses indicate that U. amethystina morphotypes are monophyletic. Furthermore, in contrast to the terrestrial Utricularia reniformis cpDNA, the U. amethystina morphotypes retain all the plastid NAD(P)H-dehydrogenase (ndh) complex genes. This observation supports the hypothesis that the ndhs in terrestrial Utricularia were independently lost and regained, also suggesting that different habitats (aquatic and terrestrial) are not related to the absence of Utricularia ndhs gene repertoire as previously assumed. Moreover, RNA-Seq analyses recovered similar patterns, including nonsynonymous RNA-editing sites (e.g., rps14 and petB). Collectively, our results bring new insights into the chloroplast genome architecture and evolution of the photosynthesis machinery in the Lentibulariaceae.-
Descrição: dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)-
Descrição: dc.descriptionConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)-
Descrição: dc.descriptionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Tecnologia Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Jaboticabal Universidade Estadual Paulista (Unesp)-
Descrição: dc.descriptionDepartment of Plant Cytology and Embryology Institute of Botany Faculty of Biology Jagiellonian University in Kraków-
Descrição: dc.descriptionJ. Craig Venter Institute, La Jolla-
Descrição: dc.description10X Genomics-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biologia Aplicada à Agropecuária Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Jaboticabal Universidade Estadual Paulista (Unesp)-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Tecnologia Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Jaboticabal Universidade Estadual Paulista (Unesp)-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Biologia Aplicada à Agropecuária Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Jaboticabal Universidade Estadual Paulista (Unesp)-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: #2013/05144-0-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: #2013/25164-6-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: #2018/02285-6-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationInternational Journal of Molecular Sciences-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectCarnivorous plants-
Palavras-chave: dc.subjectChloroplast phylogenomics-
Palavras-chave: dc.subjectIntraspecific variation-
Palavras-chave: dc.subjectLentibulariaceae-
Palavras-chave: dc.subjectNdh genes-
Palavras-chave: dc.subjectOrganelle genome-
Palavras-chave: dc.subjectPolymorphic species-
Palavras-chave: dc.subjectUtricularia amethystina-
Título: dc.titleIntraspecific variation within the utricularia amethystina species morphotypes based on chloroplast genomes-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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