Detection and identification of Xanthomonas pathotypes associated with citrus diseases using comparative genomics and multiplex PCR

Registro completo de metadados
MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal de Ouro Preto-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (Unesp)-
Autor(es): dc.contributorEscola Superior de Agricultura ‘‘Luiz de Queiroz’’-
Autor(es): dc.contributorUniversidade de São Paulo (USP)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)-
Autor(es): dc.creatorFonseca, Natasha P.-
Autor(es): dc.creatorFelestrino, Érica B.-
Autor(es): dc.creatorCaneschi, Washington L.-
Autor(es): dc.creatorSanchez, Angélica B.-
Autor(es): dc.creatorCordeiro, Isabella F.-
Autor(es): dc.creatorLemes, Camila G.C.-
Autor(es): dc.creatorAssis, Renata A.B.-
Autor(es): dc.creatorCarvalho, Flávia M.S. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorFerro, Jesus A. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorVarani, Alessandro M. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorBelasque, José-
Autor(es): dc.creatorSetubal, Joao C.-
Autor(es): dc.creatorTelles, Guilherme P.-
Autor(es): dc.creatorAguena, Deiviston S.-
Autor(es): dc.creatorAlmeida, Nalvo F.-
Autor(es): dc.creatorMoreira, Leandro M.-
Data de aceite: dc.date.accessioned2022-02-22T00:27:43Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2022-02-22T00:27:43Z-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-11-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-11-
Data de envio: dc.date.issued2019-01-01-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.7717/peerj.7676-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/199563-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/199563-
Descrição: dc.descriptionBackground. In Citrus cultures, three species of Xanthomonas are known to cause distinct diseases. X. citri subsp. citri patothype A, X. fuscans subsp. aurantifolii pathotypes B and C, and X. alfalfae subsp. citrumelonis, are the causative agents of cancrosis A, B, C, and citrus bacterial spots, respectively. Although these species exhibit different levels of virulence and aggressiveness, only limited alternatives are currently available for proper and early detection of these diseases in the fields. The present study aimed to develop a new molecular diagnostic method based on genomic sequences derived from the four species of Xanthomonas. Results. Using comparative genomics approaches, primers were synthesized for the identification of the four causative agents of citrus diseases. These primers were validated for their specificity to their target DNA by both conventional and multiplex PCR. Upon evaluation, their sensitivity was found to be 0.02 ng/µl in vitro and 1.5 × 104 CFU ml−1 in infected leaves. Additionally, none of the primers were able to generate amplicons in 19 other genomes of Xanthomonas not associated with Citrus and one species of Xylella, the causal agent of citrus variegated chlorosis (CVC). This denotes strong specificity of the primers for the different species of Xanthomonas investigated in this study. Conclusions. We demonstrated that these markers can be used as potential candidates for performing in vivo molecular diagnosis exclusively for citrus-associated Xanthomonas. The bioinformatics pipeline developed in this study to design specific genomic regions is capable of generating specific primers. It is freely available and can be utilized for any other model organism.-
Descrição: dc.descriptionFundo de Defesa da Citricultura-
Descrição: dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)-
Descrição: dc.descriptionConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)-
Descrição: dc.descriptionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG)-
Descrição: dc.descriptionNúcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas Universidade Federal de Ouro Preto-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Tecnologia Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Universidade Estadual Paulista-Unesp-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Fitopatologia e Nematologia Escola Superior de Agricultura ‘‘Luiz de Queiroz’’-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Bioquímica Instituto de Química Universidade de São Paulo-
Descrição: dc.descriptionInstituto de Computação Universidade Estadual de Campinas-
Descrição: dc.descriptionFaculdade de Computação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Ciências Biológicas Universidade Federal de Ouro Preto-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Tecnologia Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Universidade Estadual Paulista-Unesp-
Descrição: dc.descriptionFundo de Defesa da Citricultura: 007/2015 SIAFEM 025139-
Descrição: dc.descriptionCAPES: 3385/2013-
Descrição: dc.descriptionCNPq: 481226/2013-3-
Descrição: dc.descriptionFAPEMIG: APQ-02387-14-
Descrição: dc.descriptionCAPES: CFP 51/2013-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationPeerJ-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectCitrus canker-
Palavras-chave: dc.subjectComparative genomics analysis-
Palavras-chave: dc.subjectMolecular diagnostic-
Palavras-chave: dc.subjectMultiplex PCR-
Palavras-chave: dc.subjectXanthomonas-
Título: dc.titleDetection and identification of Xanthomonas pathotypes associated with citrus diseases using comparative genomics and multiplex PCR-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

Não existem arquivos associados a este item.