Male lineages in Brazilian populations and performance of haplogroup prediction tools

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorUniversidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ)-
Autor(es): dc.contributorPontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul-
Autor(es): dc.contributorSuperintendência de Polícia Técnico-Científica do Estado de Goiás-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (Unesp)-
Autor(es): dc.contributorPOLITEC – Perícia Oficial e Identificação Técnica-
Autor(es): dc.contributorFaculdade Pitágoras-
Autor(es): dc.contributorUniversidade de São Paulo (USP)-
Autor(es): dc.contributorIPATIMUP-Institute of Pathology and Molecular Immunology from the University of Porto-
Autor(es): dc.contributorUniversidade do Porto-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Federal do Pará (UFPA)-
Autor(es): dc.contributorSecretaria de Defesa Social Pernambuco-
Autor(es): dc.contributorServiço de Endocrinologia e Metabologia do Hospital Universitário da Universidade Federal do Maranhão-
Autor(es): dc.creatorJannuzzi, Juliana-
Autor(es): dc.creatorRibeiro, Julyana-
Autor(es): dc.creatorAlho, Clarice-
Autor(es): dc.creatorde Oliveira Lázaro e Arão, Grasielly-
Autor(es): dc.creatorCicarelli, Regina [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorSimões Dutra Corrêa, Heitor-
Autor(es): dc.creatorFerreira, Suelen-
Autor(es): dc.creatorFridman, Cíntia-
Autor(es): dc.creatorGomes, Verónica-
Autor(es): dc.creatorLoiola, Silvia-
Autor(es): dc.creatorda Mota, Mariana Flavia-
Autor(es): dc.creatorRibeiro-dos-Santos, Ândrea-
Autor(es): dc.creatorde Souza, Carlos Antonio-
Autor(es): dc.creatorde Sousa Azulay, Rossana Santiago-
Autor(es): dc.creatorCarvalho, Elizeu F.-
Autor(es): dc.creatorGusmão, Leonor-
Data de aceite: dc.date.accessioned2022-02-22T00:23:28Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2022-02-22T00:23:28Z-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-11-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-11-
Data de envio: dc.date.issued2019-12-31-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1016/j.fsigen.2019.102163-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/198076-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/198076-
Descrição: dc.descriptionThe use of Y-chromosomal genetic markers in forensic investigations demands the establishment of reliable and representative DNA databases of different reference populations. The genetic characterization of the Y chromosome variation in human populations requires the analyses of haplotype frequencies allied to haplogroup determination. The present study aimed to contribute to the Brazilian database by providing 1,382 Yfiler Plus individual profiles, from 11 Brazilian states. The Yfiler Plus markers showed high haplotype diversities in all Brazilian populations (>0.9970), allowing high intra-population discrimination in forensic investigations. Pairwise genetic distances showed a homogeneity between Brazilian populations (FST ≤ 0.0043; non-differentiation p-values ≥ 0.0212), indicating that admixed populations from Brazil can be represented in a single Yfiler Plus haplotype database, for forensic purposes. The performance of Haplogroup Predictor and NevGen software in haplogroup prediction based on Yfiler Plus and Yfiler haplotypes was evaluated in a subset of 416 Brazilian samples that were also genotyped for 51 Y-SNPs. In 25% of the samples, no classification or errors were found for at least one of the prediction tools or marker sets. NevGen presented lower error rates (5.52% and 8.65% with Yfiler Plus and Yfiler, respectively) than Haplogroup Predictor (16.11% with Yfiler Plus and 13.70% with Yfiler). In conclusion, both haplogroup prediction tools can be useful to direct the SNP typing, but present large error rates to be used in forensic analysis, especially in predicting African haplogroups in admixed South American populations.-
Descrição: dc.descriptionAnaesthetics Research Society-
Descrição: dc.descriptionDNA Diagnostic Laboratory (LDD) State University of Rio de Janeiro (UERJ)-
Descrição: dc.descriptionLaboratory of Human and Molecular Genetics Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul-
Descrição: dc.descriptionLaboratório de Biologia e DNA Forense Superintendência de Polícia Técnico-Científica do Estado de Goiás-
Descrição: dc.descriptionUNESP-Universidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Farmacêuticas Laboratório de Investigação de Paternidade-NAC-
Descrição: dc.descriptionCoordenadoria de Perícias em Biologia Molecular POLITEC – Perícia Oficial e Identificação Técnica-
Descrição: dc.descriptionFaculdade Pitágoras-
Descrição: dc.descriptionDepartamento de Medicina Legal Ética Médica e Medicina Social e do Trabalho da Faculdade de Medicina da USP Universidade de São Paulo (USP)-
Descrição: dc.descriptionIPATIMUP-Institute of Pathology and Molecular Immunology from the University of Porto-
Descrição: dc.descriptionI3S-Instituto de Investigação e Inovação em Saúde Universidade do Porto-
Descrição: dc.descriptionPostgraduate Program in Genetics and Molecular Biology Laboratory of Human and Medical Genetics Federal University of Pará-
Descrição: dc.descriptionSecretaria de Defesa Social Pernambuco-
Descrição: dc.descriptionServiço de Endocrinologia e Metabologia do Hospital Universitário da Universidade Federal do Maranhão-
Descrição: dc.descriptionUNESP-Universidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Farmacêuticas Laboratório de Investigação de Paternidade-NAC-
Descrição: dc.descriptionAnaesthetics Research Society: 304413/2015-1-
Idioma: dc.languageen-
Relação: dc.relationForensic Science International: Genetics-
???dc.source???: dc.sourceScopus-
Palavras-chave: dc.subjectAdmixed populations-
Palavras-chave: dc.subjectHaplogroup prediction-
Palavras-chave: dc.subjectY-STRs-
Palavras-chave: dc.subjectYfiler Plus kit-
Título: dc.titleMale lineages in Brazilian populations and performance of haplogroup prediction tools-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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