Evaluation of imputation accuracy using the combination of two high-density panels in Nelore beef cattle

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MetadadosDescriçãoIdioma
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (Unesp)-
Autor(es): dc.contributorCtr Univ Adamantina-
Autor(es): dc.contributorInst Zootecnia-
Autor(es): dc.contributorUniv Fed Paraiba-
Autor(es): dc.contributorEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)-
Autor(es): dc.contributorUniversidade de São Paulo (USP)-
Autor(es): dc.contributorMichigan State Univ-
Autor(es): dc.creatorBernardes, Priscila Arrigucci [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorNascimento, Guilherme Batista do-
Autor(es): dc.creatorSavegnago, Rodrigo Pelicioni-
Autor(es): dc.creatorBuzanskas, Marcos Eli-
Autor(es): dc.creatorWatanabe, Rafael Nakamura [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorAlmeida Regitano, Luciana Correia de-
Autor(es): dc.creatorCoutinho, Luiz Lehmann-
Autor(es): dc.creatorGondro, Cedric-
Autor(es): dc.creatorMunari, Danisio Prado [UNESP]-
Data de aceite: dc.date.accessioned2022-02-22T00:14:53Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2022-02-22T00:14:53Z-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-10-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-10-
Data de envio: dc.date.issued2019-11-28-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1038/s41598-019-54382-w-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/197564-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/197564-
Descrição: dc.descriptionThis study compared imputation from lower-density commercial and customized panels to high-density panels and a combined panel (Illumina and Affymetrix) in Nelore beef cattle. Additionally, linkage disequilibrium and haplotype block conformation were estimated in individual high-density panels and compared with corresponding values in the combined panel after imputation. Overall, 814 animals were genotyped using BovineHD BeadChip (IllumHD), and 93 of these animals were also genotyped using the Axion Genome-Wide BOS 1 Array Plate (AffyHD). In general, customization considering linkage disequilibrium and minor allele frequency had the highest accuracies. The IllumHD panel had higher values of linkage disequilibrium for short distances between SNPs than AffyHD and the combined panel. The combined panel had an increased number of small haplotype blocks. The use of a combined panel is recommended due to its increased density and number of haplotype blocks, which in turn increase the probability of a marker being close to a quantitative trait locus of interest. Considering common SNPs between IllumHD and AffyHD for the customization of a low-density panel increases the imputation accuracy for IllumHD, AffyHD and the combined panel.-
Descrição: dc.descriptionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)-
Descrição: dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)-
Descrição: dc.descriptionConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)-
Descrição: dc.descriptionUniv Estadual Paulista, Dept Ciencias Exatas, Fac Ciencias Agr & Vet, Sao Paulo, SP, Brazil-
Descrição: dc.descriptionCtr Univ Adamantina, Sao Paulo, SP, Brazil-
Descrição: dc.descriptionInst Zootecnia, Sao Paulo, SP, Brazil-
Descrição: dc.descriptionUniv Fed Paraiba, Ctr Ciencias Agr, Areia, PB, Brazil-
Descrição: dc.descriptionEmbrapa Pecuaria Sudeste, Sao Paulo, SP, Brazil-
Descrição: dc.descriptionUniv Sao Paulo, Dept Zootecnia, Escola Super Agr Luiz de Queiroz, Sao Paulo, SP, Brazil-
Descrição: dc.descriptionMichigan State Univ, Dept Anim Sci, Coll Agr & Nat Resources, E Lansing, MI 48824 USA-
Descrição: dc.descriptionUniv Estadual Paulista, Dept Ciencias Exatas, Fac Ciencias Agr & Vet, Sao Paulo, SP, Brazil-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2015/25096-6-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2016/22940-3-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2013/20091-0-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2013/19335-2-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 2012/23638-8-
Formato: dc.format10-
Idioma: dc.languageen-
Publicador: dc.publisherNature Publishing Group-
Relação: dc.relationScientific Reports-
???dc.source???: dc.sourceWeb of Science-
Título: dc.titleEvaluation of imputation accuracy using the combination of two high-density panels in Nelore beef cattle-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
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