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Metadados | Descrição | Idioma |
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Autor(es): dc.contributor | Universidade de São Paulo (USP) | - |
Autor(es): dc.contributor | Univ Fed Alfenas | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Federal de Viçosa (UFV) | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Federal de São Carlos (UFSCar) | - |
Autor(es): dc.contributor | Univ Tecnol Fed Parana | - |
Autor(es): dc.contributor | Universidade Estadual Paulista (Unesp) | - |
Autor(es): dc.creator | Paula Freitas, Flavia C. de | - |
Autor(es): dc.creator | Lourenco, Anete P. | - |
Autor(es): dc.creator | Nunes, Francis M. F. | - |
Autor(es): dc.creator | Paschoal, Alexandre R. | - |
Autor(es): dc.creator | Abreu, Fabiano C. P. | - |
Autor(es): dc.creator | Barbin, Fabio O. | - |
Autor(es): dc.creator | Bataglia, Luana | - |
Autor(es): dc.creator | Cardoso-Junior, Carlos A. M. | - |
Autor(es): dc.creator | Cervoni, Mario S. | - |
Autor(es): dc.creator | Silva, Saura R. [UNESP] | - |
Autor(es): dc.creator | Dalarmi, Fernanda | - |
Autor(es): dc.creator | Del Lama, Marco A. | - |
Autor(es): dc.creator | Depintor, Thiago S. | - |
Autor(es): dc.creator | Ferreira, Katia M. | - |
Autor(es): dc.creator | Goria, Paula S. | - |
Autor(es): dc.creator | Jaskot, Michael C. | - |
Autor(es): dc.creator | Lago, Denyse C. | - |
Autor(es): dc.creator | Luna-Lucena, Danielle | - |
Autor(es): dc.creator | Moda, Livia M. | - |
Autor(es): dc.creator | Nascimento, Leonardo | - |
Autor(es): dc.creator | Pedrino, Matheus | - |
Autor(es): dc.creator | Oliveira, Franciene Rabico | - |
Autor(es): dc.creator | Sanches, Fernanda C. | - |
Autor(es): dc.creator | Santos, Douglas E. | - |
Autor(es): dc.creator | Santos, Carolina G. | - |
Autor(es): dc.creator | Vieira, Joseana | - |
Autor(es): dc.creator | Barchuk, Angel R. | - |
Autor(es): dc.creator | Hartfelder, Klaus | - |
Autor(es): dc.creator | Simoes, Zila L. P. | - |
Autor(es): dc.creator | Bitondi, Marcia M. G. | - |
Autor(es): dc.creator | Pinheiro, Daniel G. [UNESP] | - |
Data de aceite: dc.date.accessioned | 2022-02-22T00:10:58Z | - |
Data de disponibilização: dc.date.available | 2022-02-22T00:10:58Z | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2020-12-09 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2020-12-09 | - |
Data de envio: dc.date.issued | 2020-06-03 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://dx.doi.org/10.1186/s12864-020-06784-8 | - |
Fonte completa do material: dc.identifier | http://hdl.handle.net/11449/196980 | - |
Fonte: dc.identifier.uri | http://educapes.capes.gov.br/handle/11449/196980 | - |
Descrição: dc.description | BackgroundMost of our understanding on the social behavior and genomics of bees and other social insects is centered on the Western honey bee, Apis mellifera. The genus Apis, however, is a highly derived branch comprising less than a dozen species, four of which genomically characterized. In contrast, for the equally highly eusocial, yet taxonomically and biologically more diverse Meliponini, a full genome sequence was so far available for a single Melipona species only. We present here the genome sequence of Frieseomelitta varia, a stingless bee that has, as a peculiarity, a completely sterile worker caste.ResultsThe assembly of 243,974,526 high quality Illumina reads resulted in a predicted assembled genome size of 275Mb composed of 2173 scaffolds. A BUSCO analysis for the 10,526 predicted genes showed that these represent 96.6% of the expected hymenopteran orthologs. We also predicted 169,371 repetitive genomic components, 2083 putative transposable elements, and 1946 genes for non-coding RNAs, largely long non-coding RNAs. The mitochondrial genome comprises 15,144bp, encoding 13 proteins, 22 tRNAs and 2 rRNAs. We observed considerable rearrangement in the mitochondrial gene order compared to other bees. For an in-depth analysis of genes related to social biology, we manually checked the annotations for 533 automatically predicted gene models, including 127 genes related to reproductive processes, 104 to development, and 174 immunity-related genes. We also performed specific searches for genes containing transcription factor domains and genes related to neurogenesis and chemosensory communication.ConclusionsThe total genome size for F. varia is similar to the sequenced genomes of other bees. Using specific prediction methods, we identified a large number of repetitive genome components and long non-coding RNAs, which could provide the molecular basis for gene regulatory plasticity, including worker reproduction. The remarkable reshuffling in gene order in the mitochondrial genome suggests that stingless bees may be a hotspot for mtDNA evolution. Hence, while being just the second stingless bee genome sequenced, we expect that subsequent targeting of a selected set of species from this diverse clade of highly eusocial bees will reveal relevant evolutionary signals and trends related to eusociality in these important pollinators. | - |
Descrição: dc.description | Brazilian National Science Fund (Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico and Tecnologico) | - |
Descrição: dc.description | Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) | - |
Descrição: dc.description | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) | - |
Descrição: dc.description | Univ Sao Paulo, Fac Med Ribeirao Preto, Dept Genet, Ribeirao Preto, SP, Brazil | - |
Descrição: dc.description | Univ Fed Alfenas, Inst Ciencias Biomed, Dept Biol Celular & Desenvolvimento, Alfenas, MG, Brazil | - |
Descrição: dc.description | Univ Fed Vales Jequitinhonha & Mucuri, Fac Ciencias Biol & Saude, Dept Ciencias Biol, Diamantina, MG, Brazil | - |
Descrição: dc.description | Univ Fed Sao Carlos, Ctr Ciencias Biol & Saude, Dept Genet & Evolucao, Sao Carlos, SP, Brazil | - |
Descrição: dc.description | Univ Tecnol Fed Parana, Cornelio Procopio, PR, Brazil | - |
Descrição: dc.description | Univ Sao Paulo, Fac Med Ribeirao Preto, Dept Biol Celular & Mol & Bioagentes Patogen, Av Bandeirantes 3900, BR-14049900 Ribeirao Preto, SP, Brazil | - |
Descrição: dc.description | Univ, Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho, Fac Ciencias Agr & Vet, Dept Tecnol, Jaboticabal, SP, Brazil | - |
Descrição: dc.description | Univ Sao Paulo, Fac Filosofia Ciencias & Letras Ribeirao Preto, Dept Biol, Ribeirao Preto, SP, Brazil | - |
Descrição: dc.description | Univ, Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho, Fac Ciencias Agr & Vet, Dept Tecnol, Jaboticabal, SP, Brazil | - |
Descrição: dc.description | Brazilian National Science Fund (Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico and Tecnologico): 454103/2014-0 | - |
Descrição: dc.description | FAPESP: 2015/06657-0 | - |
Descrição: dc.description | CAPES: 001 | - |
Formato: dc.format | 26 | - |
Idioma: dc.language | en | - |
Publicador: dc.publisher | Bmc | - |
Relação: dc.relation | Bmc Genomics | - |
???dc.source???: dc.source | Web of Science | - |
Palavras-chave: dc.subject | Social insect | - |
Palavras-chave: dc.subject | Meliponini | - |
Palavras-chave: dc.subject | Illumina sequencing | - |
Palavras-chave: dc.subject | Genome assembly | - |
Palavras-chave: dc.subject | Synteny | - |
Palavras-chave: dc.subject | Repetitive elements | - |
Palavras-chave: dc.subject | Non-coding RNA | - |
Palavras-chave: dc.subject | Reproductive process genes | - |
Palavras-chave: dc.subject | Immunity genes | - |
Título: dc.title | The nuclear and mitochondrial genomes of Frieseomelitta varia - a highly eusocial stingless bee (Meliponini) with a permanently sterile worker caste | - |
Tipo de arquivo: dc.type | livro digital | - |
Aparece nas coleções: | Repositório Institucional - Unesp |
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