A Target Enrichment Bait Set for Studying Relationships among Ostariophysan Fishes

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Autor(es): dc.contributorLouisiana State Univ-
Autor(es): dc.contributorUniv Tennessee-
Autor(es): dc.contributorOregon State Univ-
Autor(es): dc.contributorCornell Univ-
Autor(es): dc.contributorUniversidade Estadual Paulista (Unesp)-
Autor(es): dc.contributorUniv Louisiana Lafayette-
Autor(es): dc.contributorUniv Calif Los Angeles-
Autor(es): dc.creatorFaircloth, Brant C.-
Autor(es): dc.creatorAlda, Fernando-
Autor(es): dc.creatorHoekzema, Kendra-
Autor(es): dc.creatorBurns, Michael D.-
Autor(es): dc.creatorOliveira, Claudio [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorAlbert, James S.-
Autor(es): dc.creatorMelo, Bruno F. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorOchoa, Luz E. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorRoxo, Fabio F. [UNESP]-
Autor(es): dc.creatorChakrabarty, Prosanta-
Autor(es): dc.creatorSidlauskas, Brian L.-
Autor(es): dc.creatorAlfaro, Michael E.-
Data de aceite: dc.date.accessioned2022-02-22T00:10:21Z-
Data de disponibilização: dc.date.available2022-02-22T00:10:21Z-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-09-
Data de envio: dc.date.issued2020-12-09-
Data de envio: dc.date.issued2020-03-01-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://dx.doi.org/10.1643/CG-18-139-
Fonte completa do material: dc.identifierhttp://hdl.handle.net/11449/196745-
Fonte: dc.identifier.urihttp://educapes.capes.gov.br/handle/11449/196745-
Descrição: dc.descriptionTarget enrichment of conserved nuclear loci has helped reconstruct evolutionary relationships among a wide variety of species. While there are preexisting bait sets to enrich a few hundred loci across all fishes or a thousand loci from acanthomorph fishes, no bait set exists to enrich large numbers (>1,000 loci) of ultraconserved nuclear loci from ostariophysans, the second largest actinopterygian superorder. In this study, we describe how we designed a bait set to enrich 2,708 ultracon served nuclear loci from ostariophysan fishes by combining an existing genome assembly with low coverage sequence data collected from two ostariophysan lineages. We perform a series of enrichment experiments using this bait set across the ostariophysan tree of life, from the deepest splits among the major groups (> 150 Ma) to more recent divergence events that have occurred during the last 50 million years. Our results demonstrate that the bait set we designed is useful for addressing phylogenetic questions from the origin of crown ostariophysans to more recent divergence events, and our in silico results suggest that this bait set may be useful for addressing evolutionary questions in closely related groups of fishes, like Clupeiformes.-
Descrição: dc.descriptionNSF-
Descrição: dc.descriptionFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)-
Descrição: dc.descriptionLouisiana State Univ, Dept Biol Sci, Baton Rouge, LA 70803 USA-
Descrição: dc.descriptionLouisiana State Univ, Museum Nat Sci, Baton Rouge, LA 70803 USA-
Descrição: dc.descriptionUniv Tennessee, Dept Biol Geol & Environm Sci, Chattanooga, TN 37403 USA-
Descrição: dc.descriptionOregon State Univ, Dept Fisheries & Wildlife, Corvallis, OR 97331 USA-
Descrição: dc.descriptionCornell Univ, Cornell Lab Ornithol, Museum Vertebrates, Ithaca, NY 14850 USA-
Descrição: dc.descriptionUniv Estadual Paulista, Inst Biociencias, Dept Morfol, BR-18618689 Botucatu, SP, Brazil-
Descrição: dc.descriptionUniv Louisiana Lafayette, Dept Biol, Lafayette, LA 70503 USA-
Descrição: dc.descriptionUniv Estadual Paulista, Inst Biociencias, Dept Zool, Botucatu, SP, Brazil-
Descrição: dc.descriptionUniv Calif Los Angeles, Dept Ecol & Evolutionary Biol, Los Angeles, CA 90095 USA-
Descrição: dc.descriptionUniv Estadual Paulista, Inst Biociencias, Dept Morfol, BR-18618689 Botucatu, SP, Brazil-
Descrição: dc.descriptionUniv Estadual Paulista, Inst Biociencias, Dept Zool, Botucatu, SP, Brazil-
Descrição: dc.descriptionNSF: DEB-1242267-
Descrição: dc.descriptionNSF: DEB-1257898-
Descrição: dc.descriptionNSF: DEB-1354149-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 14/26508-3-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 16/11313-8-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 14/05051-5-
Descrição: dc.descriptionFAPESP: 14/06853-8-
Formato: dc.format47-60-
Idioma: dc.languageen-
Publicador: dc.publisherAmer Soc Ichthyologists & Herpetologists-
Relação: dc.relationCopeia-
???dc.source???: dc.sourceWeb of Science-
Título: dc.titleA Target Enrichment Bait Set for Studying Relationships among Ostariophysan Fishes-
Tipo de arquivo: dc.typelivro digital-
Aparece nas coleções:Repositório Institucional - Unesp

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